「ゼルダ無双」オリジナルのストーリーに沿ってさまざまなバトルが展開される、本作のメインとなるゲームモードです。
ストーリーは全32のシナリオから構成されていて、バトルに勝利するごとに遊べるシナリオが増えていきます。

クリア済みのレジェンドモードのシナリオを、自分の好きなキャラクターでプレイできるゲームモードです。
レジェンドモードでは不可能なキャラクターの組み合わせでシナリオを遊べるほか、
武器やアイテムの収集、キャラクターの育成にも役立ちます。

全部で10個のマップを舞台にさまざまなバトルに挑戦し、その評価によって報酬を獲得できるやり込み用のモードです。
あらたな武器やキャラクターが手に入ることも！　各マップは広大でゲーム開始時は行ける範囲が限られていますが、
バトルを進めていくと冒険できるエリアが広がっていきます。

一風変わったバトルに挑戦し、ハイスコアを目指すモードです。
巨大魔獣と戦う「ボスチャレンジ」、魔獣ガノンを操作して敵と戦う「ガノンプレイ」、
テレビ画面中がコッコであふれ返る「コッコプレイ」など、やりごたえたっぷりのバトルに挑戦できます。

ゲームの進行とともに、登場したキャラクターや解放されたイベント、獲得したメダルなどを鑑賞できるモードです。