よりバトルを楽しみたいシリーズファン向けに特化したフェイズ。 それぞれのチャプターに、隠された水晶髑髏が門となる「殲滅戦」と呼ばれるエリアが存在し、 「NINJA GAIDEN」シリーズに登場してきた強大な敵たちとの熾烈なバトルが楽しめる。