シリーズ初となる、最大8人までプレイ可能なマルチプレイヤーバトル。プレイヤーは一介のニンジャとなり、
忍びの頂点を目指し、全国のライバルとしのぎを削っていく。

マルチプレイヤーバトルのひとつ、「Clan Battle」は、4対4のチーム戦が基本となる。チームとしての勝敗の他に、プレイヤー個人に与えられる「密命」が存在するなど、さまざまなシチュエーションで遊ぶことができる。
リュウハヤブサが「刺客」として登場することもあるかもしれない。

Team NINJAが用意したさまざまなミッションに挑戦する「Ninja Trials」。世界のプレイヤーと協力するのはもちろん、一人で挑戦することもできる。熾烈を極めるミッションも数多く用意されている。

繰り返しプレイして、特定の条件を満たすことで、カスタマイズパーツがどんどん開放され、自分好みのニンジャにカスタマイズしていくことができる。 全国にいるニンジャの数だけ、プレイスタイルが存在する。

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