タイトルメニュー
タイトル画面でいずれかのボタンを押すと、タイトルメニューが表示されます。
初回プレイ時は、難易度を選んでスタートします。

ゲームの進行により、表示されるメニューが増えます。
CONTINUE
セーブデータがあるときに表示されます。直前にセーブしたチェックポイントから再開します。
LOAD GAME

チェックポイントまたは任意のチャプタークリアデータから再開します。
NEW GAME
新しくゲームを始めます。難易度を選びます。
CHAPTER CHALLENGE
任意のクリア済みのチャプターを遊びます。難易度も選べます。他のチャプターに進むことはできません。
TAG MISSIONS
パートナーと任務達成を目指します。
OPTIONS
OPTIONS画面を表示します。ゲームの設定を変更できます。
EXIT GAME
ゲームを終了します。PC版のみ表示されます。
難易度

NEW GAME開始時には、難易度を選びます。
いずれかの難易度をクリアすると、最難関のMASTER NINJAが解放されます。
最強の忍:HERO
シリーズ初心者やアクションが苦手な人向けの難易度です。体力が少なくなると、自動的にガードが行われます。
ライフゲージが減って赤くなると、ヒーローモードが発動します。
ヒーローモード中は、敵の攻撃を自動でガードまたは回避し、敵を欠損させやすくなります。ヒーローゲージがなくなるか、ライフが回復するとヒーローモードの効果がなくなります。

ゲージ上:ライフゲージ
ゲージ下:ヒーローゲージ
忍の道:NORMAL
一般的な難易度です。
強者の道:HARD
歯ごたえのある難易度です。シリーズ経験者やアクションが得意な人向けです。
悟りの道:VERY HARD
かなりシビアな難易度です。
超忍への道:MASTER NINJA
本作最難関の難易度です。いずれかの難易度をクリアすると解放されます。クリアがかなり難しくなります。