サンジェルマンより大きな歪みが発生しそうだとの
情報を得た主人公たちは、
歪みの発生しているマニラへと向かいます。
地勢上、交易船が多く通過するマニラ近海は現地の海賊が
跋扈（ばっこ）する海域となっていました。
主人公一行はマニラを襲う海賊について情報を集め、
海賊退治へと赴きます。
現地の海賊を討伐したところ、
その元凶はもっと北から来ているというのですが……。

イスパニア王宮で紹介状を受け取った主人公一行は、
差出人に会うために江戸のイスパニア商館に向かいます。
そこで出会ったのは、イスパニアの探検商人の
セバスティアン・ビスカイノでした。
ビスカイノは日ノ本とマニラの間で南蛮貿易を切り拓こうと
主人公たちに協力を要請します。
漆器に着目したビスカイノは織田信長の協力を得て
販路拡大に励むのですが……。