「遙か4 愛蔵版」はシリーズ同様、章構成になっています。
1章ずつ進めていき、それまでのプレイ内容によって、先の展開が変化していきます。
また、章選択コマンドを使用することにより、今まで育てたキャラクターで、以前プレイした章にもどってプレイすることができます。
[SYSTEM]
章選択
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マップ&フィールド
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心の天秤
恵
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二人術
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新戦闘システム
STORY
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CHARACTER
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SYSTEM
PlayStation(R)Portable追加要素