これまでは１隻の船に探検担当・戦闘担当・交易担当の
3名の航海士が乗船できましたが、新たに「補佐官システム」を導入し、
各担当を補佐する航海士が乗船できるようになりました。
補佐官として編成し、航海・海戦・対戦・投資・発掘を行うと、
補佐官の熟練度を獲得できます。
補佐官の熟練度を獲得していくと、補佐官レベルがアップします。
補佐官レベルに応じて、発揮する能力およびスキル発動率が
増加するため、さらなる船団強化が可能になります。

海戦中に発動するスキル数が増えました。
発動するスキルの数は各タイミングで変わります。
補佐官のスキルも発動するので、編成を考えて
新たな自分の戦い方を構築できるようになります。

商館を建設できる条件を緩和し、
商館がある都市以外にいても商館に命令ができるようになりました。

※商館を建設できないリスボンからでも商館に命令可能 

さらに、遠征隊を複数編成できるようになり、
提督の持つ海図全てに遠征できるようになりました。
最初に編成できる遠征隊はひとつですが、
何度も遠征を行うことで編成できる遠征隊の数が増えていきます。

遠征隊の獲得する報酬も大幅に強化され、
レアなアイテムやジュエルが手に入ることもあります。

デイリー/ウィークリー/マンスリーミッションが追加されました。
ミッションをクリアすることで、各種報酬を獲得できるほか、
さらに、デイリー/ウィークリーミッションを期間内に
特定個数クリアすると、それぞれジュエルを獲得できます。
それぞれのミッションの期間は以下のようになります。

デイリー：毎日9:00～翌日8:59まで
ウィークリー：毎週月曜9:00～翌週月曜8:59まで
マンスリー：毎月1日9:00～翌月1日8:59まで

ミッションは請け負う必要がなく、
条件を達成すれば自動的にクリアとなり、クリア状況は港の他、
拠点や洋上からも確認できます。

ミッションをクリアしたら
期限までに報酬を忘れずに受け取りましょう。

主人公一行はトレド商会から、ある事業に投資するための
資金を用立ててほしいという依頼を受けます。
その事業とは、イスパニア王室直々のお声がかりで
未知の南方大陸「テラ・アウストラリス・インコグニタ」を
探索するための探検船団が編成されるというものでした。
主人公一行は資金の他にも資材などを用立てるのですが……。

ストーリー「テラ・アウストラリス」を進めると、
「豪州東部」「豪州西部」の海図が入手できます。

補佐官システムや、商館の遠征隊の編成可能数が増えたことに伴い、
航海士保有枠の購入可能上限を54に拡張しました。

また、船団の保有できる資材の所持上限を100,000に拡張しました。
さらに、ギルドに所属している場合、ギルドレベルによって得られる
資材の所持上限拡張はそのまま適用されます。