イスパニアの軍人見習いフランシスカ・アサーラが
一行の船に飛び込んできます。
厳しい指導が予定されているので、
親友の測量士マリベル・シピトリアと共に
今からでも教導して欲しいというのです。
突撃戦闘には自信があるものの、
猪突猛進過ぎるフランシスカ。
一方、慎重に行動しすぎて判断が遅いマリベル。
イスパニアの提督フェルナンド・ロアイサは
彼女たちの欠点を補うため、
カリブ海での課題を出すのですが………。

副官・ニーナが巻き込まれた事件を解決すべく、
親友の探検商人ジュピトル・フェルナンデスや、
トレジャーハンターのソニア・デラクルスたちと
今後の方針を協議する一行。
ジュピトルは、あの「深海の悪魔」は
再び主人公たちの前に現れると予測し、
先手を打つため、敵の目的を解き明かし、
襲来に備えるべきだと提案します。
そしてその前に事件の発端ともいうべき
「賢者の石」と呼ばれる遺物を、
すべて元の場所に返却すべきだと主張するのですが………。