一行の元にイングランド海軍が調査をしていた
「宝の地図」が奪われたとの一報が入ります。
犯人は対立するイスパニアとも海賊とも言われており、
ロンドンに向かった一行はイングランド海軍提督ドレイクの
「地図を取り戻した暁には、ともに手を取り合い、宝箱を引き揚げ、
その名誉を分かち合おう」との伝言を聞きます。
一行はしぶしぶ依頼を受け、カリブ海に向かい、
海賊を討伐するのですが…

一行は航海の途中、フランス近海で
イングランド艦隊の大規模な座礁事故が発生したとの報告を受けます。
その後、一行と共に旅をしているイングランドの科学者ニュートンは、
正確な時計を作る事で船の正確な位置が把握でき、
海難事故が防げると考えるのですが、
なかなか実験は上手くいきません。
そこに現れた青年ジョン・ハリソンの登場によって、
事態は大きく動く事に…