一行の元にケープタウン近海で遭難したネーデルラントの幽霊船が
彷徨っているので何とかしてほしい、という相談事が持ち込まれます。
ニーナは強硬に反対しますが、ポルトガルにとって
リスボン-インド間は生命線に匹敵する重要な航路です。
一行は状況を調べるため、ケープタウンに向かうのですが…

オスマンとの正面衝突を回避した一行は、
知恵を貸してくれたアラブの姫君のエミナと再会します。
礼よりも面白い話を聞きたいという彼女に幽霊船の話をしたところ、
アジアの方でもそんな話を聞いたことがあるとのこと。
マラッカで発生したポルトガルとネーデルラントの対立も気になるので、
状況確認と幽霊船の話を聞くために一行はインドに向かいます。
そしてアジア各地に幽霊船が出没しているという情報を得て、
その謎を追っていくのですが…