京や鎌倉などゲームの舞台となる幾つかのマップに「拠点」という特殊なポイントが登場。 ここを主人公が訪れることで平和な日常をかいま見ることができるイベントが多数発生します。 さらにこれらのイベントの進行状況によっては「十六夜エンディング」と呼ばれるエンディングへの道も開けます。また、八葉たちも新たなコスチュームで登場します。
PSP®版『遙かなる時空の中で3 with 十六夜記 愛蔵版』は、2004年に発売されたPS2版『遙かなる時空の中で3』と、2005年に発売されたPS2版『遙かなる時空の中で3 十六夜記』を1本にまとめ、さらに新規イベントとスチルを追加した愛蔵版です。