在DX版中

外傳故事

已追加安佩爾與莉拉的外傳故事，描述兩人為了尋找異界之門，繼續踏上旅程。通關外傳故事後，可在本篇獲得通關特典。

可從標題畫面的「Episode」遊玩。

※於標題選單的「Episode」可以載入「Episode」。

若擁有《萊莎的鍊金工房 DX》的保存資料，可獲得服裝、裝飾品、寶石、SP等特典。
進入「萊莎的鍊金工房」即可領取特典。

若擁有「秘密」系列普通版的保存資料，可獲得裝飾品、寶石、SP等特典。

進入「萊莎的鍊金工房」即可領取特典。

可自由設定隊伍、等級、敵人組成與特殊狀況等條件進行戰鬥。

獲得特定道具後，即可接觸「萊莎的鍊金工房」裡的床鋪來進行自由戰鬥。

隨著劇情發展成為夥伴的「菲」，在原野上會跟隨在萊莎身邊。牠會在「調合」、「探索」、「戰鬥」方面提供協助，發動各種效果。
發動的效果會隨著遊戲劇情的進展逐漸增強。