本作はアニメ『進撃の巨人』の重厚な物語を追体験するストーリーが展開する。
本編で活躍するキャラクターが登場し、各キャラクターにスポットを当てたシナリオを多数収録する。

エレンが10歳となった845年に突如現れた、壁を超える巨体を持つ「超大型巨人」によって破られた壁から巨人が侵入し、そのうちの一匹にエレンの母、カルラは捕食されてしまう。通称「鎧の巨人」によって遮断不能となったウォール・マリアは放棄され、人類の活動領域はウォール・ローゼまで後退することになった。家族、家、夢、全てを奪われたエレンは巨人への復讐を決意し、調査兵団を目指し「第104期訓練兵団」に入団する。

入団から3年後、突如として再び「超大型巨人」が襲来。エレンは単身で立ち向かうも、取り逃がしてしまう。本部に戻り班を率いるエレンだったが、班員を捕食され、自身も足に深手を負う。茫然としたまま巨人に捕食されかけるアルミンを辛うじて助け出したエレンが、代わりに巨人に捕食されてしまった。

超大型巨人によってトロスト区の壁が破壊されるその直前、精鋭からなる調査兵団は、壁外調査に出発した。
調査兵団による壁外調査の主な目的は、５年前に陥落したウォール・マリア奪還のための布石を打つことにある。
廃墟と化した町や村に兵站拠点を設置し、壁を破壊されたシガンシナ区に大部隊を送るための進軍ルートを確保することが主な任務である。
彼らは壁の外で巨人たちと戦い、進軍ルートの確保とともに、新たな発見と成果を残していくのであった。

駐屯兵団の奮戦と調査兵団の帰還によってウォール・ローゼは巨人の侵攻を阻んだ。
しかし壁の中は、ウォール・マリアを失った５年前と同じような混乱に包まれていた。
再び人類を襲った超大型巨人、そして一度は破壊された壁が「巨人の力」によって塞がれたという信じがたい事実。
エレンは、人類の敵なのか、味方なのか——。
壁の中で様々な感情論がひしめく中、エレンを新たに加えた調査兵団は、第57回壁外調査を開始する。

兵団の元に「ウォール・ローゼ内地に謎の奇行種が出没した」との報せが届く。
ウォール・ローゼ内地は壁に守られているため巨人が出現しないはずだが…。
報せの真偽を確かめるべく、兵士たちは出撃を開始する。