以下の条件を満たした状態で、スタートメニューで「はじめから」を選んでください。
●『feat.天音学園』本編をクリアして、システムデータを保存する
●『feat.神南』および『feat.至誠館』のセーブデータがある
※『feat.神南』、『feat.至誠館』はクリアしていなくても「函館天音学園編」をプレイできますが、ストーリーをお楽しみいただくためにも一度クリアしてからプレイすることをお勧めします。

●「函館天音学園編」がプレイ可能になっている
●『金色のコルダ３ フルボイス Special』のセーブデータがある
※『フルボイス Special』はクリアしていなくても、イベントとエンディングは追加できます。
※「函館天音学園編」がプレイ可能になっていれば、ニアとの一部のイベントは見られます。

目が覚めると、そこは見知らぬバスの中だった——。

手にしているのは、ヴァイオリンケースだけ。どうしてここにいるのかもわからない。 戸惑う主人公に声をかけてきたのは、ニアと名乗る美しい少女だった。
「君も『函館天音学園』に行くんだろう？」

校内で出会ったトーノという青年の言うには、この函館天音学園には妖精たちが住むという。 主人公、ニア、トーノ、そしてニアの双子の兄・ソラの４人は、 数奇な運命に導かれるように、理事長が所有する横浜の洋館で 妖精たちの起こす奇跡の源となる「ブラボーポイント」を集める生活を始めることになる。

それは夢と現実の狭間の物語。蜃気楼のように儚い、もうひとつの夏が始まる。