幼なじみの律が故郷を離れ、横浜の星奏学院に進学してから２年。 平凡な日常を送る主人公と響也の元に、一通の手紙が届く。 それは、律が進学した星奏学院と同じ横浜にあるという「横浜天音学園」への入学案内だった。 かすかに残る金色の弦の少年の記憶と、胸に沸き起こる焦燥感。 主人公は横浜天音学園に転入することを決意し、響也もまた主人公に引きずられるように横浜に行くことになる。

横浜元町にそびえたつ天音学園は、ガラスに覆われた冷たい外観で他者を拒絶するかのようだ。 おびえながらも理事長室に入った主人公と響也を待ち受けていたのは、「学園の支配者」と呼ばれる冥加玲士だった。 あろうことか、冥加は主人公と響也のヴァイオリンを聞くと、その場で退学を勧告する——。

美しい音楽を奏でる才《マエストロフィールド》と引き換えに、何かを失った者たちが集うこの天上の楽園で、今、運命の歯車が回り始める。