黄金時代篇
ミッドランド王国とチューダー帝国が、100年の長きに渡り戦争を繰り広げてきた戦乱の世が舞台。
流れの傭兵ガッツは、とある攻城戦での戦いぶりから傭兵団“鷹の団”に目を付けられ襲撃を受ける。
団長グリフィスとの一騎討ちに敗れたガッツはそのまま鷹の団に入団することになり、女戦士にして千人長のキャスカなど、多くの仲間と行動をともにしていく。
切り込み隊長となったガッツの活躍もあり、鷹の団は連戦連勝、ミッドランド国王の目にもとまるようになる。
ミッドランドの正規軍として臨んだある戦で、ガッツたちは不死と噂される伝説の傭兵ゾッドと対峙する。圧倒的な力に絶体絶命となるが、グリフィスの首飾り“ベヘリット”を見たゾッドは、ガッツたちにとどめを刺すことなく去ってしまう。
その後も鷹の団は戦功を上げ続け、難攻不落のドルドレイ要塞に背水の陣で挑み、わずか5000の騎兵でこれを攻略する。この勝利によりチューダー帝国との戦争は終結した。
鷹の団は英雄ともてはやされるが、ガッツはグリフィスと対等の友であることを望み、鷹の団を去ってしまう。失意のグリフィスは王女と関係を持ち、国王の怒りに触れ投獄される。鷹の団は反逆者として追われる身となった。
一年後。ガッツは鷹の団の危機を聞いて駆けつけ、グリフィス救出に協力する。だが、拷問を受け続けたグリフィスの体は、再起を望めぬ状態であった。そんなグリフィスの絶望に真紅のベヘリットが呼応する。
グリフィスは己の望みをかなえるため、守護天使のひとり「フェムト」へと転生をとげる。
大切な仲間であるはずの鷹の団を生贄とすることで・・・。
生贄となった鷹の団は“使徒”と呼ばれる怪物たちに次々と虐殺され全滅、生き残ったガッツも左腕と右目を失い、キャスカは精神が崩壊してしまう。
ガッツは仲間を殺した使徒たち、そして仲間を生贄に捧げたかつての友・グリフィスへの復讐を誓い、黒い甲冑を身にまとい、大剣“ドラゴンころし”を携え、ひとり旅に出る。
断罪篇
精神を壊しあらゆる記憶を失ったキャスカを旧知の鍛冶職人であるゴドーに託したガッツは、黒い剣士として復讐の旅を続けていた。しかし、使徒との数々の死闘や、夜ごと襲いかかる悪霊との戦いで、その身体はひどく疲弊していた。
一方、そのガッツを黙示録の預言が示す “闇の鷹”とみなし、彼の足取りを執拗に追う「聖鉄鎖騎士団」。女性団長・ファルネーゼ率いる聖鉄鎖騎士団に包囲されたガッツは、奮闘むなしく捕らえられてしまう。
聖鉄鎖騎士団のキャンプに連行されたガッツは、隙を見てファルネーゼを人質に脱出するが、逃亡の途上で悪霊に襲われてしまう。ファルネーゼは、目の前で繰り広げられる悪霊の群れとガッツの凄惨な戦いに恐怖し、神への祈りの言葉すら失ってしまう。やがて夜が明け悪霊が鎮まると、失意のファルネーゼは後を追ってきた従者のセルピコとともに聖鉄鎖騎士団へ戻っていった。
その後も旅を続けるガッツは、ふとした事からキャスカの危機を感じ、ゴドーの住処へと戻る。
しかし、キャスカは1カ月も前に行方不明となっていた。
「もう再度と、喪失ねえ！」
ガッツはキャスカを救い出すため、彼女がいるとされる“断罪の塔”へ向かう。
はたして、そこで彼を待ち受けていたものとは……。そしてキャスカの運命は……。
千年帝国の鷹篇
断罪の塔でキャスカを救出し、ゴドー亡き後の住処へと戻ったガッツ。
だがそこに、かつての友グリフィスの姿があった。
己の夢のために鷹の団を犠牲にしたグリフィスを憎み、ガッツは感情のおもむくままに剣を抜く。しかしその怒りはグリフィスには届かず、彼はガッツの前から姿を消してしまう。
ふたたび復讐の炎を燃やすことになったガッツだが、キャスカを守りながらグリフィスを追うことは難しく、まずは安全な場所を求め、
しかし、過酷を極める旅の中で、ガッツは心に潜む黒い感情を抑えきれずにキャスカを傷つけてしまう。彼女を守り抜くという重圧に押しつぶされそうになるガッツだが、やがて、聖鉄鎖騎士団を抜けガッツを追ってきたファルネーゼとセルピコ、そして剣士を目指す少年イシドロと出会うことになり、信頼できる仲間たちと助け合いながら道を行く旅が始まった。
安住の地、
獣鬼の群れに行く手を阻まれるガッツたちは、霊樹の森で出会った魔女見習いシールケの協力によってこれを退ける。しかし、彼らの前にある一団が現れる。
それは、“鷹の団”を名乗る使徒の軍団であった。
ガッツは、シールケの師匠フローラより託された狂戦士の甲冑をまとい、人ならぬ使徒たちが集まる“鷹の団”、そして恐帝ガニシュカを主とするクシャーン帝国といった新たな難敵に立ち向かっていく……。